اداره نظارت بر مواد غذایی و بهداشتی استان ایلام در سال 1369 با همت مسئولین وقت سازمان بهداری و حضور 4 نفر تکنیسین شروع بکار نمود ، در آن زمان تعداد دو کارخانه تولید مواد غذایی و بهداشتی در استان وجود داشت که تحت نظارت دانشگاه علوم پزشکی استان کرمانشاه بودند . از سال 1371 با جذب کارشناسان صنایع غذایی و تغذیه و آموزش های لازم فعالیت های اداره نظارت بر مواد غذایی و بهداشتی بصورت تخصصی تر ادامه یافت طی این مدت تعداد کارخانجات تولید مواد غذایی و بهداشتی فعال ، نیمه فعال و در دست احداث به بیش از 66 واحد تولیدو بسته بندی مواد غذایی و بهداشتی رسیده است در این راستا معاونت غذا ودارو با جذب و تامین نیروی انسانی مورد نیاز توانسته است بنحو مطلوب پاسخگوی نیاز واحدهای تولیدی استان از نظر نظارت و صدور پروانه های بهداشتی باشد . در حال حاضر تعداد 9 نفر کارشناس و کارشناس ارشد با تخصص های صنایع غذایی ، تغذیه ، شیمی ، میکروبیولوژی در مدیریت نظارت بر مواد غذایی و بهداشتی استان ایلام مشغول انجام وظیفه می باشند . از سال 1382 با توجه به توانمندی اداره نظارت بر مواد غذایی و بهداشتی صدور پروانه تاسیس وبهره برداری کارخانجات تحت پوشش ،  از سال 1385صدور پروانه مسئول فنی و ساخت محصولات تولیدی استان و نیزاز سال 1391 صدور مجوز ترخیص مواد اولیه  ، توسط معاونت غذا ودارو وزارت متبوع به این مدیریت تفویض گردیده است  .

مدیریت نظارت بر مواد غذایی و بهداشتی معاونت غذا ودارو در حال حاضر بر فعالیت تعداد 112 کارخانه و کارگاه  تولید مواد غذایی و بهداشتی در سطح استان نظارت نموده و کلیه مجوزهای بهداشتی کارخانجات تولید مواد خوراکی ، آشامیدنی و بهداشتی سطح استان را پس از بررسی های کارشناسی و طی مراحل قانونی صادر می نماید. در این راستا علاوه بر بازدید های مستمر از کارخانجات تحت پوشش ، انجام نمونه برداری از محصولات تولیدی استان و ارسال به آزمایشگاه کنترل غذا و دارو ، پیگیری نتایج آزمایشگاهی و اقدام قانونی در خصوص نمونه های نامنطبق ، برخورد قانونی و معرفی به مراجع قضائی واحدهای متخلف نیز از فعالیت های این مدیریت می باشد .

ارائه راهنمائی های لازم به صاحبان صنایع در مراحل مختلف قبل از احداث واحد تولیدی ، حین احدا ث واحد تولیدی ، طی مراحل مختلف اخذ پروانه های بهداشتی و نیزدر زمان  تولید محصولات توسط کارشناسان این مدیریت صورت می گیرد .

آموزش مسئولین فنی کارخانجات تولید مواد غذایی و بهداشتی در زمینه نظارت برتهیه مواد اولیه ، اطمینان از سالم بودن و دارا بودن مجوزهای بهداشتی مواد اولیه ورودی به کارخانه ، نظارت بر تولید محصول ، نظارت دائم بر رعایت موازین بهداشتی در کارخانه ،  انجام آزمایشات میکربی و شیمیائی محصولات تولیدی و حصول اطمینان از سلامت محصول و ..... توسط کارشناسان این مدیریت بصورت مستمر انجام میشود .